La fragmentación del ADN espermático como lo dice su nombre se refiere a daños ocasionados en el material genético de los espermatozoides. Actualmente se sabe que cuando existe un porcentaje de espermatozoides incrementados con daño de ADN las posibilidades de embarazo son menores. Por esto, se han desarrollado distintas técnicas que permiten separar los espermatozoides con daño de su ADN de aquellos en que es normal. Se han descrito diferentes técnicas capaces de separar en el laboratorio los espermatozoides con el fin de identificar aquellos sin fragmentación del ADN y poder ser utilizados en una técnica de reproducción asistida. Una de ellas son las columnas de anexina que se basa en la separación espermática por expresión de sustancias en la superficie de los espermatozoides con daño de ADN. Esta técnica se basa en que los espermatozoides con daño del ADN expresan en su superficie una sustancia a la cual se le puede adherir una proteína llamada anexina. La fabricación de complejos de anexina con microesferas metálicas, permite que al pasar la muestra de semen más estos complejos por unas columnas con sus paredes imantadas, los espermatozoides que tienen fragmentación del ADN y a los cuales se les unió la anexina con las microesferas, queden en las paredes de los tubos, pasando los espermatozoides con ADN normal. La utilización de complejos de microesferas metálicas unidas a anexina, permite separar los esperamatozoides con ADN fragmentados al pasarlos por tubos con sus paredes imantadas.

Otra técnica utilizada para seleccionar espermatozoides es la denominada PICSI (ICSI con preselección) que se basa en que el hialuronato es el mayor componente del cumulus oophorus, habiéndose demostrado que los espermatozoides que se unen a él son más maduros y tienen un menor índice de fragmentación de ADN y de alteraciones cromosómicas (aneuploidías) que los que no se unen.